Фамилия Матуте — редкая для русской среды, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В русском языке нет суффикса -уте, который образовывал бы фамилии от местных прозвищ или профессий. Поэтому искать её нужно на юге Европы или в романских языках.

Скорее всего, Матуте — это вариант фамилии Маттео или Матус, попавший в Россию через западные регионы (Польша, Беларусь, Прибалтика) или через испано-итальянскую диаспору. Основа — личное имя Матфей (Matteo, Mateus) в одной из местных форм. В итальянском языке фамилия Matute встречается, хоть и нечасто, и происходит от уменьшительной формы имени Маттео. В испанском языке есть слово «matute» — контрабанда, но маловероятно, что фамилия пошла от него: прозвище «Контрабандист» давали редко, и оно не стало бы массовым.

На русской почве фамилия Матуте — это, скорее всего, застывшая форма родительного падежа или просто перенесённая без изменений иностранная фамилия. Встречается она в основном у потомков польской шляхты, обрусевших немцев или выходцев из Италии, служивших в России с XVIII века. Например, в польских метриках есть запись «Mateusz» → «Matuta» → «Matute» — как вариант окончания после переезда в Российскую империю.

Суффиксальная модель здесь не работает: окончание -е не является русским фамильным суффиксом (как -ов или -ин). Это говорит о том, что фамилия не прошла стандартную русификацию. Если предок носителя фамилии был крестьянином или мещанином, ему бы обязательно добавили суффикс. А раз фамилия осталась в исходном виде, вероятнее всего, её носители относились к привилегированным или иностранным сословиям — шляхте, купечеству или колонистам.

Географически фамилия Матуте фиксируется в западных губерниях Российской империи (Виленская, Гродненская, Киевская), а также среди потомков итальянских архитекторов и инженеров, работавших в Петербурге. В советское время носители фамилии встречались в Прибалтике и на юге Украины. В современной России фамилия остаётся крайне редкой — её можно встретить не чаще, чем раз на несколько миллионов человек.