Фамилия Матутина — женская форма от Матутин, а та в свою очередь образована от имени или прозвища Матута. В основе лежит древнерусское некалендарное имя Матута, которое в XVI–XVII веках встречается в писцовых книгах и актах. Имя это, скорее всего, связано с глаголом «матути» — в диалектах «медлить, мешкать, колебаться». Соответственно, Матутой могли прозвать неспешного, основательного человека, который не торопится с решениями. В некоторых говорах «матута» означало также «мямля», «рохля» — но с оттенком не злой насмешки, а скорее бытовой характеристики.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Матутин — «сын Матуты» или «человек из дома Матуты». Такая модель типична для русских фамилий северных и центральных областей, где -ин активно использовали наряду с -ов. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от прозвищ на твёрдый согласный, -ин присоединяли к основам на -а, -я. Так что Матутин — классический «северный» вариант.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные «родственники»: Матусов, Матусевич, Матушкин. Все они восходят к тому же корню мат- (от «матути» или от уменьшительных форм имени Матвей — Матута, Матуся). В случае с Матутиной связь с Матвеем менее вероятна: имя Матута как самостоятельное существовало задолго до того, как Матвей вошёл в обиход, и фиксируется в документах XV века.

Встречается фамилия Матутина преимущественно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях — то есть на территории бывшего Новгородского Севера. Там же, кстати, сохранились топонимы Матутино (деревни в Вологодской и Кировской областях), что подтверждает давнюю укоренённость рода.

По сословной принадлежности предки Матутиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В списках однодворцев и мещан эта фамилия нередка, а вот в дворянских родословных книгах не засветилась — что, впрочем, не делает её менее древней.