Фамилия Матьякубова — редкий случай, когда мы почти наверняка знаем точное имя, от которого она образована, и можем назвать регион её происхождения. Это женская форма фамилии Матьякубов, и оба варианта указывают на тюркские корни, скорее всего, узбекские или каракалпакские.

Основа фамилии — составное мужское имя Матьякуб. Оно распадается на две части: «мат» (сокращение от арабского «Мухаммад») и «Якуб» (библейский Иаков, почитаемый в исламе пророком). Таким образом, имя Матьякуб означает «Мухаммад и Якуб» или, в более свободной трактовке, «прославленный Якуб». Это типичная для Средней Азии модель образования двусоставных имён, где первая часть — имя пророка Мухаммада, а вторая — имя другого почитаемого персонажа.

Формант «-ова» — это русский патронимический суффикс, который добавили к тюркской основе при оформлении фамилии в документах. В среде, где фамилия возникла, у мужчины было бы отчество Матьякубович, а у женщины — Матьякубовна, но сама фамилия закрепилась в русифицированной форме через суффикс принадлежности. Это говорит о том, что предки носителей фамилии жили на территории, входившей в состав Российской империи или СССР, где действовала русская система записи фамилий.

Географически фамилия Матьякубова почти наверняка привязана к Узбекистану, в первую очередь к Хорезмской области или Республике Каракалпакстан. Именно в этих регионах имя Матьякуб встречается чаще всего, и там же распространена модель образования фамилий через русский суффикс. Встречается она и в Таджикистане, но реже. Фамилия не является старой русской или славянской — это результат межкультурного контакта, где тюркское имя получило русское грамматическое оформление.

С точки зрения социального статуса предков, никаких прямых указаний нет. Имя Матьякуб могли носить и крестьяне-земледельцы, и ремесленники, и представители духовенства. Единственное, что можно сказать с уверенностью: носитель исходного имени был мусульманином, и его семья, вероятно, жила в оседлой земледельческой или городской среде, где требовалась фиксация фамилий по русскому образцу.