Фамилия Маурэр — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти всегда ведёт не в славянскую, а в немецкую языковую среду. В основе лежит немецкое слово Maurer, которое переводится как «каменщик». Это типичная профессиональная фамилия, образованная по той же модели, что и русские Кузнецов, Плотников или Столяров: человека называли по его ремеслу. Немецкий суффикс -er указывает на деятеля (ср. Bäcker — пекарь, Lehrer — учитель), поэтому Маурэр — буквально «тот, кто работает с камнем». На русской почве фамилия сохранила исходное написание Maurer, но в бытовом произношении могла адаптироваться: ударение чаще падает на второй слог — Мау́рэр, хотя в немецком оригинале оно на первом: Ма́урер.

Исторически носители этой фамилии появляются в России в XVIII–XIX веках, когда в страну по приглашению правительства приезжали немецкие колонисты, ремесленники и специалисты. Среди них было много строителей, архитекторов и каменщиков, участвовавших в возведении городов, заводов и усадеб. Поэтому предки современных Маурэров в России — скорее всего, потомки тех самых немецких мастеров, осевших в Поволжье, Причерноморье, Петербурге или Москве. В метрических книгах и ревизских сказках фамилия могла писаться по-разному: Маурер, Маурэр, Мауреръ, но смысл оставался одним.

Отдельного внимания заслуживает написание с буквой «э». Это не случайная опечатка, а старая практика передачи немецкого e после гласной или в конце слова, чтобы подчеркнуть твёрдое произношение (ср. Рэр, Бэр). Встречаются варианты и с одной «р» — Маурер, что ближе к оригиналу, но в русских документах двойная «р» закрепилась по аналогии с другими заимствованными фамилиями. В отличие от фамилии Мюллер, которая стала почти интернациональной, Маурэр осталась более локальной и узнаваемо немецкой. Среди однокоренных русских фамилий ей соответствует Каменщиков, но Маурэр звучит не как калька, а как прямое заимствование — живое напоминание о ремесле, которое кормило человека несколько веков назад.