Фамилия Мавлекеева — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать не через славянскую модель на -ев, а через мусульманский именник, адаптированный в русской среде. Основа — мужское имя Мавлеке (варианты: Мавлюка, Мавлюкей), которое восходит к арабскому «мауля» — господин, владыка, покровитель. В исламской традиции это один из эпитетов Аллаха, но в бытовых именах оно часто использовалось как выражение принадлежности Богу («раб Владыки»). Суффикс -еев (в женской форме -еева) — стандартный русский патронимический формант, которым «обрусевали» инородные имена: к основе добавляли -ев, а не -ов, из-за мягкого или шипящего конца основы.

Географически фамилия плотно привязана к Волго-Уральскому региону и Западной Сибири. Наибольшая концентрация носителей — в Татарстане, Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях. Это указывает на татарские или башкирские корни, реже — на казахские, где имя Маулекен также встречается. Русские переписчики XVI–XIX веков, фиксируя мусульманские имена, часто записывали их на слух, отсюда разброс: Мавлекеев, Мавлюкеев, Мавлеев — все они однокоренные.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не встречается у дворян или духовенства. Это фамилия крестьянская и мещанская, чаще всего — у тептярей и башкир, плативших ясак. В советское время, с паспортизацией 1930-х годов, форма закрепилась как Мавлекеева, хотя в быту у самих татар могло сохраняться произношение с твёрдым «к» — Мавлекей.

Словообразовательно фамилия уникальна тем, что в ней редкое для тюркских заимствований сочетание: арабский корень, татарская огласовка и русский суффикс. Если сравнивать с однокоренными Мавлютовыми или Мавлияровыми, то Мавлекеева стоит особняком — её основа не усечена, а дана в полной, почти диалектной форме, что может указывать на конкретную локальную традицию именования в одном из мишарских говоров.