Фамилия Меденций — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и это как раз тот случай, когда стоит искать не славянские, а иноязычные корни.

Скорее всего, перед нами фамилия латинского или романского происхождения. Основа «меденц» восходит к латинскому medens, medentis — «лечащий, врачующий», причастие от глагола medeor («лечу, исцеляю»). В таком случае фамилия Меденций — это русифицированная форма западноевропейской фамилии Меденц или Меденци, которая могла попасть в Россию через польское или немецкое посредство. В Польше встречается фамилия Miedziński, но Меденций — скорее калька с итальянского Medenzi или Medenti, где суффикс -i указывает на принадлежность к роду.

Менее вероятна, но возможна версия от названия города Меден (Meden) в Германии или Меденци в Болгарии, но для таких топонимических фамилий типичнее суффикс -ский. Учитывая окончание -ий, фамилия могла быть искусственно создана в семинарской среде: учащихся духовных училищ нередко наделяли «благозвучными» латинизированными фамилиями. Священник или дьячок Меденций — человек, чья фамилия буквально означала «целитель», что хорошо сочеталось с профессией.

В России фамилия крайне редка. По данным открытых источников, её носители встречаются в центральных регионах и на юге, но единично. Это не крестьянская и не купеческая фамилия — скорее, позднее дворянское или разночинное образование, не получившее широкого распространения. Написание с «ц» (а не с «к» или «ч») окончательно закрепляет её книжный, нерусский характер.