Фамилия Мексиняев — редкий случай, когда географический и фонетический анализ оказывается важнее, чем попытка найти очевидный корень. На первый взгляд, в основе может лежать прозвище от диалектного слова, но более правдоподобна версия, что перед нами — «застывшая» форма прилагательного, образованного от названия населённого пункта.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или топонимов, оканчивающихся на -яй или -ей. Основа «Мексин-» практически не встречается в антропонимических словарях, что заставляет искать её за пределами личных имён. Наиболее вероятная гипотеза: фамилия восходит к названию реки или села, например, к гидрониму «Мекса» (несколько рек с таким названием есть в бассейне Волги). В таком случае «Мексиняй» — это житель берегов Мексы, а «Мексиняев» — его потомок. Окончание -яй в прозвищах было характерно для северных и поволжских говоров: ср. Ветляй, Шугай, Лепяй.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с тюркским корнем «мексин» (в значении «гость» или «чужак»). Фонетически это возможно, но географическое распространение фамилии (судя по данным открытых источников, она встречается в основном в Центральной России и Поволжье) склоняет к версии о местном, русском происхождении. Если бы корень был иноязычным, мы бы ожидали суффикс -ов, а не -ев, или же более широкое бытование на юге.

Таким образом, предки носителей фамилии Мексиняев, скорее всего, происходили из небольшого поселения или жили у реки с названием Мекса. Сама фамилия — редкий пример того, как топоним, не сохранившийся на современной карте, «законсервировался» в родовом имени.