Фамилия Мексина — женская форма, но в русской традиции она почти всегда восходит к мужской основе: предка звали Мексин, а потомки (жена, дети) получили фамилию по отцу. Мужской вариант, в свою очередь, образован от прозвища или нецерковного имени Мексин с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Суффикс указывает на «чей?» — сын или человек Ме́кси.

Корень здесь неочевидный. Самое прямое объяснение — диалектное слово «мекса». В северных и сибирских говорах так называли мелкую рыбу, малька, а в переносном смысле — невысокого, щуплого человека. Вологодские, архангельские, вятские говоры сохранили это слово: «мекса» — мелкота, маломерок. Значит, прозвище Мексин мог получить либо рыбак, промышлявший мелочью, либо человек невысокого роста, «мелкий» по сложению. В старину такие прозвища давали без насмешки — как бытовую примету.

Есть и другая версия, менее вероятная, но любопытная: «мекса» в некоторых говорах означала «непоседа», «егоза». Если человек был суетлив, вертляв, его могли прозвать Мексином. Однако первое значение — «мелкая рыба» или «мелкий человек» — встречается в диалектных словарях чаще и надёжнее.

Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а, -я (Мексин — от Ме́кса). Такая модель очень древняя и распространена в северных и центральных областях России. Фамилия могла возникнуть в крестьянской среде, где прозвища были повседневны, а не в дворянской, где преобладали фамилии на -ов/-ев.

Интересно, что фамилия не связана с географическим названием «Мексика» — это случайное созвучие. Никаких миграций из далёких стран в основе нет: чисто русская диалектная история.

Встречается фамилия сегодня нечасто, рассеяна по разным регионам, но с небольшой концентрацией в Вологодской и Кировской областях — как раз там, где слово «мекса» было в ходу. Если ваши предки оттуда, прозвище почти наверняка означало «мелкий рыбак» или «невысокий человек».