Фамилия Меландий — редкая и нестандартная для русского уха. Её звучание сразу наводит на мысль о греческом или латинском корне, и это предположение близко к истине, но с оговорками. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образованы от крестильных имён (Иванов, Петров) или прозвищ, Меландий не укладывается в привычную модель суффиксации. Здесь нет суффиксов -ов, -ин или -ский, которые цеплялись бы к основе. Это говорит о том, что фамилия, скорее всего, поздняя, книжная или искусственная.

Главная версия происхождения — от греческого имени Мелантий (Μελάνθιος), которое в свою очередь восходит к слову «мелас» (μέλας) — «чёрный», «тёмный». В древнегреческой мифологии Мелантий — это имя козопаса, слуги женихов Пенелопы, персонажа «Одиссеи». В православных святцах это имя встречается, но редко. Фамилия Меландий могла возникнуть в среде духовенства: в семинариях часто «перекраивали» простые фамилии на греческий лад, чтобы придать им благозвучие и возвышенный смысл. Так, будущий священник с фамилией Мелантьев или Меланин мог получить в аттестате «Меландий» — как более благородный вариант.

Есть и более прозаичное объяснение. В некоторых говорах слово «меландия» или «меланка» означало что-то мутное, нечистое, а также могло относиться к вялому, меланхоличному человеку (сравните с «меланхолия»). Но это скорее народная этимология, которая смешивает греческое «мелас» со славянским звучанием. Правдоподобнее выглядит связь с церковной средой: фамилии на -ий (типа Викторий, Иллирий, Меландий) были типичны для выпускников духовных академий XVIII—XIX веков. Они подчёркивали образованность носителя и его оторванность от крестьянского быта.

Географически фамилия Меландий не привязана к какому-то одному региону — она встречается точечно, чаще на юге России и Украине, а также среди потомков священников, рассеянных по империи. Фактически, это не фамилия в привычном понимании «по отцу», а своего рода «прозвище-титул», закреплённое за родом. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были из духовного звания: священники, дьяконы или псаломщики.

Сравните с однокоренными фамилиями: Мелантьев (от имени Мелентий) — более массовая и древняя, Меланьин (от женского имени Меланья) — совсем другая история, а вот Меландий стоит особняком. Он как раз и ценен своей редкостью: если вы носите эту фамилию, велика вероятность, что ваш предок был человеком книжным, получившим фамилию не от ремесла, а от учёбы.