Фамилия Меланин — редкий пример, когда основа звучит как научный термин, но на самом деле это старинное русское прозвище. Соблазн связать её с пигментом меланином велик, но исторически этот термин вошёл в науку только в XIX веке, а фамилия, судя по словообразованию, сложилась гораздо раньше. Поэтому версия о «биологическом» происхождении — анахронизм.

На деле фамилия образована по самой распространённой русской модели: от прозвища или нецерковного имени Меланя через суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Меланин, то есть сын или потомок Мелани. Само имя Меланя — это народная, разговорная форма канонического имени Мелания (в церковном варианте — Мелания). В русских деревнях имя было известно, но встречалось нечасто. Прозвищем Меланя могли назвать и мужчину: так на Руси иногда «бабьими» именами дразнили тихих, медлительных или чрезмерно заботливых мужиков.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «мелань» — так в некоторых говорах называли мучную болтушку или жидкую кашу. В этом случае прозвище Меланя мог получить любитель такой еды или, наоборот, тот, кто её постоянно варил — например, работник на кухне или пастух. Но эта гипотеза держится на шатких основаниях: слово «мелань» не зафиксировано в авторитетных словарях как общеупотребительное.

В ономастических справочниках фамилия Меланин не упоминается среди массовых — её нет в списках самых частых русских фамилий. Это значит, что род был немногочисленным и, скорее всего, локальным: носители могли жить в одной-двух губерниях, например в центральной России или на Русском Севере, где имя Мелания было в ходу у старообрядцев. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская: дворянские роды с такой основой не фиксируются.

Интересная деталь: при советской паспортизации 1930-х годов фамилию могли записать по-разному — Меланин, Меланьин, Меланьев. Вариант на -ин закрепился как стандартный, хотя этимологически правильнее было бы Меланьин (от основы Меланья). Но унификация через суффикс -ин «съела» мягкий знак, и фамилия приобрела современное звучание, которое случайно совпало с научным термином.