Фамилия Менченкова почти всегда оказывается «двойником» более распространенной фамилии Минченкова. Разница в первой букве — не ошибка писаря, а следствие екающих говоров: в них безударное «и» звучит как «е», поэтому на письме закрепился вариант Менченков. Искать корень нужно в имени Минко — так на Руси уменьшительно звали мужчин с крестильным именем Мина. С греческого это имя переводят как «месяц», и покровителем его считают преподобного мученика Мину, афинянина, известного образованностью и даром речи, тайно исповедовавшего христианство. Отчество от формы Минко и дало фамилию: Минченко — «сын Минки», а добавление -ов в русской среде превратило его в Минченкова, а затем и в Менченкова.

Есть и другая версия, более редкая и спорная. Она выводит фамилию из прозвища Менко, которое связывают с татарским словом mence — «тысячник». Так в старину называли военачальника, командовавшего городским ополчением. Если эта гипотеза верна, прозвище указывало и на социальное положение предка, и на его род занятий: Менко был человеком ратным, командным. Но правдоподобие этой версии ниже: она не объясняет, почему в большинстве документов фамилия встречается с буквой «и» в корне, и требует допущения о татарском влиянии, тогда как имя Мина было широко распространено у православных.

Судьба рода, судя по всему, складывалась так: предок с именем Минко или прозвищем Менко жил на землях, где бытовали украинские или белорусские формы фамилий на -енко. Позже род перебрался в великорусские области, и фамилию русифицировали, добавив суффикс -ов. Так Менченко стал Менченковым. Сейчас фамилия встречается нечасто и несет в себе след сразу двух языковых процессов: перехода «и» в «е» под ударением говора и адаптации южнорусской модели фамилии к северной.