Фамилия Менчугин — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс -ин. В русской ономастике суффикс -ин обычно указывает на принадлежность: чей? — Менчугин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Менчуга. Здесь основа — Менчуг-, а -ин — фамильный показатель. Это типичная модель для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на юге — на -ов.

Корень фамилии — Менчуг — скорее всего, восходит к прозвищу или имени. Самое вероятное объяснение: основа от слова «менчук» или «менчуг» в диалектах. В некоторых говорах «менчук» означало «меняла», «торговец» (от глагола «менять»). Человек, занимавшийся обменом или мелкой торговлей, мог получить такое прозвище. Суффикс -уг- (-юг-) в русских прозвищах часто придаёт оттенок грубоватости или принадлежности к определённому занятию, как в словах «пастух» или «питух».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском есть слово «мен» (тысяча), а «менче» — «тысячник», военачальник. В таком случае Менчуг могло быть прозвищем по должности или социальному статусу, но эта гипотеза слабее: фамилия не демонстрирует типичных тюркских суффиксов, а русская модель образования на -ин указывает на славянскую основу.

Географически фамилия Менчугин редкая, встречается в основном в Вологодской и Архангельской областях, а также в Поволжье. Это подтверждает версию о северном происхождении: в тех краях фамилии на -ин особенно часты, а прозвища от торговых занятий были распространены среди крестьян и посадских людей.

Сравните с однокоренными фамилиями: Менчуков (с суффиксом -ов), Менчуковский (с польским или украинским оттенком), Менчугин стоит особняком — он более архаичный, с прямым указанием на отчество от прозвища. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Менчугиных в писцовых книгах Белозерского уезда — это косвенно подтверждает давнюю традицию фамилии.