Фамилия Менкушев — редкий случай, когда географический ключ важнее разбора корня. Если смотреть на суффикс, то перед нами классическая русская патронимическая модель на -ев: так образовывали фамилии от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или шипящий. Менкуш — это прозвище или, скорее всего, дохристианское личное имя, от которого и пошла фамилия.

Самое правдоподобное объяснение ведёт в Приуралье и на Урал. Среди коми-пермяков и близких им народов встречается имя Менку (или Меньку) — уменьшительная форма от Меньшик, что значило «младший», «меньшой». Суффикс -уш в русской народной традиции часто добавляли к именам, чтобы получить ласковый или бытовой вариант: Менкуш — это «маленький Меня», то есть младший сын или просто человек невысокого роста. В русской среде такое прозвище закрепилось за выходцем из коми-пермяцкой семьи, который перешёл на русскую службу или жил в смешанном поселении.

Есть и другая версия, но она слабее. В тюркских языках, например в карачаево-балкарском, есть слово «мен» — родинка, родимое пятно. Менкуш тогда могло бы значить «человек с родинкой». Однако эта гипотеза не объясняет, почему фамилия закрепилась именно с русским суффиксом -ев, а не с тюркским окончанием. К тому же массовых следов фамилии на Кавказе не видно. Поэтому версия с финно-угорским корнем и русским оформлением выглядит убедительнее.

Сословно Менкушевы, скорее всего, происходили из государственных или заводских крестьян, а не из дворян. На Урале и в Пермской губернии фамилии на -ев часто получали бывшие «ясачные» люди — нерусское население, платившее подать пушниной. В XIX веке Менкушевы встречаются в метрических книгах Чердынского и Соликамского уездов. Носителей фамилии мало, она не разошлась широко по стране — это говорит о том, что род долго оставался на одном месте, в лесном Зауралье.

Коротко: фамилия Менкушев образована от прозвища Менкуш («младшенький») по русской модели, а её корни уходят в коми-пермяцкую среду Северного Приуралья. Предки, вероятно, были крестьянами или охотниками, которые влились в русское податное сословие в XVII–XVIII веках.