Фамилия Манкушев — редкая и территориально привязанная. Её основа — тюркское мужское имя Манкуш (Манкус). В тюркских языках «ман» означает «родинка», «родимое пятно», а «куш» — «птица», но в антропонимике имя, скорее всего, сложное: «ман» плюс уменьшительный аффикс «-куш» (как в именах Калкуш, Сарыкуш). Прямое значение — «человек с родинкой» или «пятнистый», что в кочевой среде было распространённым прозвищем по внешнему признаку.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель патронимического образования: Манкушев — «сын Манкуша». Фамилия закрепилась, когда носители имени Манкуш перешли в русскую культуру и приняли православие, либо когда их записывали в ревизские сказки. В отличие от фамилий на «-ов» от полных имён (Иванов, Петров), здесь суффикс присоединён прямо к основе на шипящий — это норма для тюркских заимствований (ср. Алышев, Кутушев).

Географически фамилия Манкушев встречается в двух основных ареалах: в Астраханской области (среди юртовских татар и ногайцев) и в Карачаево-Черкесии (у карачаевцев и балкарцев). В Астрахани фамилия фиксируется с XVIII века в документах татарских служилых людей. Второй очаг — северный Кавказ, где имя Манкуш бытовало у горских народов. Единичные носители встречаются в Казахстане и Средней Азии — это следы переселений ногайцев и каракалпаков.

Сословно предки Манкушевых чаще всего были государственными крестьянами или казаками. В Астрахани — рыболовы и извозчики, на Кавказе — скотоводы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для поздних патронимов от тюркских имён. Встречается также вариант Манкушов — с ударением на «у», но он ещё реже.

Однокоренные фамилии: Манкушевский (полонизированная форма, возможна у белорусских татар), Манкуш (без суффикса, как прозвищная фамилия у карачаевцев). Общего корня с фамилией Мансуров нет — там другая семантика (от арабского «мансур» — «победоносный»).