Фамилия Мердюк — редкий случай, когда за коротким и на первый взгляд простым словом стоит несколько версий, и ни одна из них не очевидна. В ней нет привычных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ин), зато есть украинский или белорусский суффикс -юк, который указывает на происхождение с запада или юго-запада бывшей Российской империи. Такой суффикс обычно означал «сын» или «потомок» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. Значит, перед нами фамилия, образованная от личного имени или прозвища Мерда, Мердь или Мердей.

Основная сложность — в корне «мерд-». В русских говорах и в украинском языке есть слово «мерда» с уничижительным значением — нечто вроде «глупый, никчёмный человек». Это грубое, но живое прозвище, которое могло закрепиться за человеком с определённым характером или поведением. В таком случае Мердюк — потомок того, кого дразнили Мердой. Однако есть и более нейтральная версия: корень может восходить к литовскому или балтскому слову merdėti — «мереть, угасать, чахнуть». В белорусском и польском пограничье (Гродненщина, Брестчина) такие балтизмы не редкость. Тогда прозвище Мердя могли дать болезненному, слабому человеку.

Третья, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «мерд» (муж, храбрец), но для этого фамилия должна была бы писаться как Мердюк с ударением на последний слог и бытовать в южных степных регионах. Поскольку основная масса носителей фамилии Мердюк встречается в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина) и в Беларуси, балто-славянское объяснение выглядит надёжнее.

Модель образования типична для украинской ономастики: прозвище на -а (Мерда) или усечённая форма имени (скажем, от Мефодий или Мирод) плюс патронимический суффикс -юк. То есть Мердюк — это «сын Мерды». Встречаются также варианты написания Мердюк с ударением на первый или второй слог, что характерно для говоров, где суффикс -юк мог быть безударным.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская, без дворянских корней. В ревизских сказках XIX века носители фамилии Мердюк фигурируют как государственные крестьяне или мещане Волынской и Киевской губерний. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное, бытовое происхождение.