Фамилия Меремянин — редкий случай, когда географическое прозвище сохранилось не в привычной форме на -ов или -ин, а с суффиксом -янин, указывающим на принадлежность к определённой местности или народу. Такая модель характерна для древних названий жителей: римлянин, египтянин, а позже — для обозначения выходцев из городов или земель (например, ярославец, но по другой схеме). В основе фамилии лежит корень «мерем-», который прямо отсылает к топониму Мерема.

Скорее всего, Меремянин — это «выходец из Меремы». Так называлось село или местность. Наиболее известное упоминание — село Мерема в бывшем Кашинском уезде Тверской губернии (ныне Кесовогорский район Тверской области). В писцовых книгах XVI–XVII веков эта местность фигурирует как владение нескольких помещиков. Человек, переселившийся из Меремы в другое место, получал прозвище Меремянин — то есть «тот, кто из Меремы». Со временем прозвище закрепилось за потомками как фамилия.

Формант -янин здесь не уменьшительный и не патронимический (как -ов), а указательный: он фиксирует не имя отца, а место происхождения. Такие фамилии встречаются редко, чаще они оставались в виде прозвищ и не переходили в наследственные. То, что Меремянин закрепилась, говорит о том, что переселение было заметным для окружения, а сам носитель прозвища, вероятно, был не последним человеком в общине.

Вторая, менее вероятная версия — связь с этнонимом «меря» (финно-угорское племя, жившее на территории современных Ярославской, Костромской, Ивановской областей). Тогда Меремянин могло означать «потомок мерянина» или «человек из земли меря». Но против этой версии говорит то, что на месте расселения меря топонимов с корнем «мерем-» почти не сохранилось, а суффикс -янин для обозначения потомков целого племени в русской антропонимии нехарактерен.

Фамилия очень редкая. В современных базах данных встречается единично, в основном в Тверской области и Москве. Это подтверждает версию о локальном корне: фамилия не разошлась широко, а осталась в пределах региона, откуда пошла.