Фамилия Меркиянова образована от имени Меркиян — просторечной, производной формы канонического мужского имени Меркурий. Само имя Меркурий ведет начало от латинского merx со значением «товар», а основой стала форма родительного падежа этого нарицательного — mercies. Именование Меркурий принадлежало древнеримскому богу торговли, покровителю купцов и прибыли.

Одним из небесных покровителей имени считается святой великомученик Меркурий Кессарийский, день памяти которого приходится на 24 ноября. По преданию, Меркурий служил в римской армии. В одной из битв ему явился ангел и передал меч, которым святой убил вражеского полководца и подарил победу римлянам. За подвиг Меркурия назначили военачальником. После явления ангела он уверовал в Христа и открыто исповедовал христианство, отказываясь приносить языческие жертвы. За это император подверг его мучениям и обезглавил.

Скорее всего, основатель рода Меркияновых был человеком из простого сословия. В крестьянской и посадской среде редкие церковные имена часто переделывали на свой лад: так Меркурий превращался в Меркияна. При образовании славянских фамилий использовались окончания принадлежности -ов/-ев, -ин, -ский/-цкий. В данном случае суффикс -ов присоединили к основе Меркиян-, и потомок человека, которого звали Меркиян, со временем получил фамилию Меркиянова.

Фамилия встречается в различных исторических документах. Так, в Книге памяти Липецкой области упоминается Меркиянов Андриян Дмитриевич, родившийся в 1890 году в деревне Новоселки Волынского района Орловской области. Это подтверждает, что фамилия бытовала в южнорусских губерниях, где формы типа Меркиян были особенно распространены.