Фамилия Меркубанова звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её основа — не славянское имя или прозвище, а тюркское (возможно, кавказское) слово. Разберём фамилию по составу: корень «Меркубан» и суффикс «-ов(а)». Суффикс указывает на то, что фамилия формировалась в русской языковой среде по модели притяжательных прилагательных (чей? — Меркубанов), но сама основа пришла из другого языка.

Наиболее вероятное происхождение — от мужского личного имени Меркубан. В тюркских языках (особенно в кумыкском, ногайском, карачаево-балкарском) имя могло сложиться из двух частей: «мер» (возможно, искажённое «мир» — предводитель, или же от арабского «амир» — князь) и «кубан» (река Кубань, либо тюркское «кубан» — пенистый, бурный). Таким образом, Меркубан могло означать «князь Кубани» или «человек с бурной рекой» — типичное для кочевников образное прозвище-имя. Другая, менее правдоподобная версия связывает фамилию с искажённым христианским именем Меркурий (Меркул), но окончание «-бан» для русских фамилий нехарактерно, а для тюркских — наоборот, типично (ср. Арсланбек, Алихан).

География фамилии подтверждает её кавказские корни. Меркубановы чаще всего встречаются в Дагестане, Чечне, Ставропольском крае и среди кубанских ногайцев. В XIX веке, когда горцы и кочевники массово получали фамилии при переписях и вступлении в казачье сословие, имя отца (Меркубан) закреплялось за всем родом с русским суффиксом «-ов». Носители фамилии были, скорее всего, вольными скотоводами или воинами, а не крепостными крестьянами — на Кавказе крепостное право не имело такого распространения, как в центральной России. Женская форма Меркубанова — это обычное русское окончание, не меняющее смысла: жена или дочь Меркубана.