Фамилия Меркутанов — редкий случай, когда суффикс -анов не указывает на украинское или белорусское происхождение, а работает по чисто русской модели. В русской ономастике суффикс -анов обычно присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я, образуя притяжательные прилагательные: Мина → Минанов, Фома → Фоманов. Здесь основа — Меркута, а не Меркут. Если бы фамилия строилась от имени Меркут, она звучала бы как Меркутов. Появление суффикса -анов выдаёт, что исходное прозвище или имя звучало как Меркута.

Корень восходит к латинскому Mercurius — имени римского бога торговли, покровителя путешественников и воров. В древнерусском языке это имя закрепилось в формах Меркурий, Меркул, Меркуша. В народной речи имя часто сокращали: Меркута — один из вариантов, образованный по той же модели, что и Данила от Даниил, или Никита от Никифор. Прозвище Меркута могли дать человеку с живым, подвижным характером, напоминающим бога-вестника, или же торговцу, часто бывавшему в разъездах.

Фамилия Меркутанов встречается крайне редко. По данным переписей и телефонных справочников, основные носители сосредоточены в центральных и южных регионах России — в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это совпадает с зонами, где в XVII–XVIII веках селились служилые люди и крестьяне из центральной России, приносившие с собой «говорящие» прозвища. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — скорее всего, предки были крестьянами или однодворцами, то есть лично свободными землевладельцами на южных рубежах государства.

Интересная деталь: в некоторых архивных записях XIX века фамилию писали через «о» — Меркутонов, что отражает акающее произношение: в безударном положении «а» звучало как «о». Такая вариативность типична для фамилий, которые записывали со слов самих носителей, а не по документам. Позже написание закрепилось через «а» по аналогии с церковным именем Меркурий.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Меркулов, Меркушин, Меркурьев — то Меркутанов стоит особняком: он не от полного имени, не от уменьшительного на -ш-, а от просторечной формы с окончанием -а, что указывает на очень плотное бытование в народной среде, где имя уже не воспринимали как церковное.