Фамилия Меркитанов — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти безошибочно. Основа здесь не славянская, и это сразу бросается в глаза. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия одного из средневековых кочевых народов Восточной Сибири — меркитов. В XII–XIII веках меркиты были серьёзной силой в Забайкалье и Прибайкалье, воевали с Чингисханом и после разгрома частью растворились в монгольских и тюркских племенах, частью ушли на запад.

Как этноним «меркит» превратился в фамилию? Типичная модель для народов, вошедших в состав России: имя народа или племени становилось прозвищем для человека, который происходил из этой среды или был с ней связан. В русской среде такое прозвище обрастало суффиксом принадлежности. Здесь сработал тюрко-монгольский патронимический суффикс -ан, который в сочетании с русским -ов дал форму Меркитанов. Буквально: «потомок того, кого прозвали Меркит» или «сын Меркита».

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — тюркское личное имя Меркит (встречается у башкир, татар, ногайцев). В таком случае фамилия — чистый патроним: «сын Меркита». Однако, учитывая историческую громкость этнонима, версия с племенным прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Меркитанов встречается крайне редко. Основные очаги — Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, а также единичные случаи в Забайкалье. Это указывает на то, что носители фамилии, скорее всего, потомки отатарившихся или обурятившихся групп, влившихся в состав волжских татар и башкир. В русских переписных книгах XVI–XVII веков эта фамилия не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, не раньше XVIII века, когда начался массовый учёт нерусского населения.

Сравните с однокоренными: Меркитов (без суффикса -ан, более редкая форма) и Меркитаев (с монгольским суффиксом -аев). Меркитанов стоит особняком — он словно застыл на стыке двух языковых систем, тюркской и русской, и хранит память о народе, который исчез с карты, но оставил след в фамилиях.