Фамилия Меркитан — одна из тех, что хранит в себе не столько родовое имя, сколько меткую характеристику предка. Её основа — тюркское слово «меркит» (или «мергет»), которое в разных диалектах означало «меткий стрелок», «ловкий» или «искусный». Скорее всего, прозвище Меркитан давали человеку, который славился точностью в стрельбе или в каком-то ремесле, требующем сноровки.

Суффикс -ан в этой фамилии — необычная деталь. В русских фамилиях он встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на заимствование из других языков. В тюркских языках -ан — распространённый аффикс, образующий имена и прозвища (сравните с именами Айхан, Алпан). Таким образом, фамилия Меркитан могла возникнуть как русифицированная форма тюркского прозвища, которое закрепилось за родом. Альтернативная версия, менее вероятная, связывает её с названием древнего племени меркитов, известного в Центральной Азии, но тогда фамилия скорее звучала бы как Меркитов.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России и Поволжью, где исторически было сильное тюркское влияние. Встречается она и среди казаков, и среди крестьян, что говорит о её бытовом, а не дворянском происхождении. В документах XIX века носители фамилии фиксировались в Астраханской, Саратовской губерниях и на Кубани.

Интересно, что фамилия не имеет распространённого варианта с суффиксом -ов (Меркитанов), хотя по правилам русской ономастики он был бы ожидаем. Это лишний раз подтверждает, что форма на -ан воспринималась как готовая основа и не требовала дополнительной русификации. Так что предок носителя фамилии Меркитан, судя по всему, был человеком с твёрдой рукой и острым глазом — метким стрелком или умелым мастером.