Фамилия Меркитанова — женская форма, а мужской вариант Меркитанов. В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Меркитан. Если разобрать имя по составу, корень «меркит» восходит к названию древнего монгольского племени меркитов, известного по «Сокровенному сказанию монголов» и другим средневековым источникам. Меркиты долго враждовали с Чингисханом, пока не были разгромлены и частично рассеяны по степям. Аффикс -ан в тюркских именах часто выполняет роль увеличительного или усилительного суффикса, то есть Меркитан можно понять как «настоящий меркит», «крепкий, как меркит» или «потомок меркита».

Фамилия Меркитанов образована по типичной русской модели: к основе на -а (Меркитан) добавили суффикс -ов. Такая модель характерна для фамилий, возникших у русских в XVI–XVII веках, когда крещёные татары, башкиры и другие народы Поволжья переходили в русское подданство и получали фамилии по отцу. Следовательно, предок носителей фамилии был человеком по имени Меркитан, скорее всего, татарином или башкиром, принявшим православие. Фамилия недвусмысленно указывает на родство с тем самым племенем — в отличие от более частых «профессиональных» фамилий, она несёт память о древнем этнониме.

Географически фамилия Меркитанова встречается в основном в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — то есть в зоне исторического расселения тюркских народов и казачества, активно контактировавшего с кочевниками. В дореволюционных списках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении: вероятно, письменная форма сложилась уже в XIX веке, когда крестьянам и разночинцам начали массово присваивать фамилии. Редкий суффикс -ан в основе делает фамилию заметной даже среди тюркских по происхождению: большинство аналогичных фамилий (Меркулов, Меркурьев) восходят к христианскому имени Меркурий, а не к степному племени.