Фамилия Меркуленков — одна из тех, где за основу взято имя, но не напрямую, а через цепочку уменьшительных форм. В её основе лежит каноническое мужское имя Меркурий. В святцах так звали раннехристианского святого, а в быту имя давали нечасто, поэтому носители фамилии — потомки, скорее всего, одного или нескольких родов, а не широкого слоя населения.

Разбираем по составу. Корень «Меркул» — это народная, усечённая форма имени Меркурий. В русской традиции длинные имена часто «обрубали»: Меркурий превращался в Меркула, как Дмитрий — в Митю, а Григорий — в Гришу. Далее идёт суффикс «-енк-», который в белорусском и украинском ареалах означает «маленький, сын такого-то» (сравните с фамилиями Коваленко, Павленко). То есть Меркуленко — это «сын Меркула». А вот финальный суффикс «-ов» — уже чисто русский, великорусский. Он прирос к фамилии, когда носитель перебрался на север или восток, в регионы, где фамилии оформляли по модели «чей?» (Иванов, Петров). Получается, что Меркуленков — это русифицированная версия украинской или белорусской фамилии Меркуленко.

Географическая привязка здесь важна. Фамилия Меркуленков встречается в основном в центральной России и Поволжье, но её гнездо — южные и западные области, граничащие с Украиной. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из малороссийских земель, где его звали Меркуленко, а при переписи или переселении в великорусские губернии фамилию подогнали под местный стандарт, добавив «-ов». Встречается и вариант без наращения — Меркуленко, но он реже.

Исходное имя Меркурий в народе часто переосмысливали. Святой Меркурий Кесарийский почитался как воин, поэтому имя могло ассоциироваться с силой и защитой, но в крестьянской среде его давали чаще по святцам, без особой символики. Встречается и прозвищное происхождение: в некоторых говорах «меркул» или «меркулка» могли называть бойкого, верткого человека (от латинского «mercarius» — торговец, но это позднее, книжное осмысление). Однако первая версия — от имени через патроним — гораздо правдоподобнее и подтверждается структурой фамилии.

Таким образом, фамилия Меркуленков хранит память о редком имени, которое в обиходе сократили до Меркула, а затем оформили по южнорусской (украинской) и северной (русской) моделям одновременно. Это типичный пример того, как граница диалектов и административных областей «склеивала» разные способы образования фамилий в одну.