Имя Меркуша представляет собой производную форму канонического мужского имени Меркурий. Оно берет начало от латинского merx со значением «товар», а основой имени стала форма родительного падежа данного нарицательного – mercies. Именование Меркурий принадлежало древнеримскому богу торговли. Одним из покровителей этого имени считается святой великомученик Меркурий Кессарийский, день памяти которого приходится на 24 ноября. По преданию, Меркурий был на службе в римской армии. В одной из битв ему явился ангел и передал меч, которым святой убил вражеского полководца и подарил победу римлянам. За свой подвиг Меркурий был назначен военачальником. После явления ангела святой уверовал в Христа и открыто исповедовал христианство, отказываясь приносить языческие жертвы. За это император подверг его мучениям и обезглавил. Скорее всего, основатель рода Меркушенковых был человеком из простого сословия. Таким образом, именование Меркушенко получил «маленький Меркуша», то есть сын Меркуши. Фактически фамилия Меркушенкова представляет собой отчество второго порядка: Меркушенков - сын Меркушенко и внук Меркуши.