Фамилия Меркушенкова образована от отчества второго порядка и напрямую связана с именем Меркурий. Если раскладывать цепочку, то получается: Меркуша — уменьшительная форма имени, Меркушенко — «сын Меркуши», а Меркушенков — уже «внук». То есть фамилия буквально означает «внук Меркуши», и это редкий случай, когда в родовом прозвище сохранилась такая глубокая генеалогическая связь.

Само имя Меркурий уходит корнями в латинский язык. Оно происходит от нарицательного merx, что значит «товар», а основой послужила форма родительного падежа — mercies. В римской мифологии Меркурий был богом торговли, покровителем купцов и путешественников. На Руси имя попало вместе с христианством и закрепилось в святцах благодаря конкретному человеку — великомученику Меркурию Кессарийскому, чью память церковь отмечает 24 ноября.

История этого святого необычна. По преданию, Меркурий служил в римской армии простым воином. В решающей битве ему явился ангел и вручил меч, которым святой поразил вражеского полководца, чем принес римлянам победу. За доблесть его назначили военачальником. После чудесного явления Меркурий уверовал во Христа и открыто исповедовал веру, отказавшись приносить жертвы языческим богам. За это император подверг его жестоким мучениям и казнил через усечение мечом.

Сам факт использования уменьшительной формы Меркуша, а не полного имени, много говорит о социальном положении предков. В крестьянской и посадской среде полные имена в быту почти не употребляли — people звали друг друга коротко, по-домашнему. Поэтому основатель рода Меркушенковых, скорее всего, был человеком из простого сословия, возможно, крестьянином или ремесленником. В дворянской среде такая форма не прижилась бы.

Суффикс -енк(о), который лег в основу промежуточной формы Меркушенко, типичен для украинской и южнорусской традиции именования. Это еще один штрих к географии фамилии: вероятнее всего, корни рода стоит искать на территории современной Украины или в южных областях России, откуда фамилия позже распространилась шире. В русском варианте суффикс -ов добавился уже на русской почве, когда фамилию адаптировали под местные нормы словообразования.