Фамилия Меркушенков — один из тех случаев, когда разбор суффикса сразу проясняет историю рода. В ней два форманта: уменьшительно-ласкательный суффикс -енк- (или -онк-, в зависимости от произношения) и патронимический -ов. Такая цепочка типична для восточнославянских фамилий, образованных от краткой производной формы крестильного имени. Основа здесь — Меркуш или Меркушеня, народная версия церковного имени Меркурий.

Имя Меркурий пришло на Русь с христианством из латинского Mercurius — так звали римского бога торговли. В святцах оно закрепилось благодаря святым: мученику Меркурию Кесарийскому и воину Меркурию Смоленскому. В просторечии длинное имя быстро сокращали: появлялись формы Меркул, Меркуша, Меркуха. От Меркушеня (маленький Меркурий, сын Меркурия) через суффикс принадлежности -ов и родился Меркушенков — буквально «сын Меркушёнка», то есть внук Меркурия.

Интересно, что фамилия сохранила не просто отчество, а отчество от уменьшительного имени. Это указывает на то, что предок носителя — человек невысокого социального статуса: в крестьянской и мещанской среде детей чаще звали ласковыми формами, а в официальных документах фиксировали именно их. В дворянских родах такие «двойные» суффиксы встречаются реже.

Географически фамилия Меркушенков тяготеет к южнорусским областям и Поволжью. По данным переписей XIX — начала XX века, наибольшая плотность носителей отмечалась в Саратовской, Тамбовской и Пензенской губерниях. Встречается она и на Украине, где суффикс -енк- вообще является основным патронимическим, но с русским окончанием -ов — это говорит о поздней миграции или обрусении.

Родственная фамилия — Меркушев — образована проще, от того же прозвища Меркуш без дополнительного суффикса. Меркушенков же стоит в одном ряду с такими редкими формами, как Ивашенков или Петрушенков: они все фиксируют не отца, а деда по уменьшительному имени, что делает фамилию более дробной и локальной.