Фамилия Меркулин образована от имени или прозвища, в основе которого лежит слово «меркул» или «меркула». В русской народной традиции так называли подвижного, вертлявого человека — от глагола «меркулить» (вертеться, суетиться, быть непоседой). В словаре Владимира Даля «меркул» и «меркула» зафиксированы именно в этом значении, с пометкой «шуточное». Таким образом, Меркулин — это потомок человека, которого в округе звали Меркулом за его юркость и неусидчивость.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Меркулин, то есть сын или потомок Меркула. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я (ср. Пушкин, Репин, Голицын). Менее вероятна, но возможна связь с церковным именем Меркурий (в просторечии — Меркул). В этом случае фамилия также приобрела бы форму Меркулин, но исходное имя давалось в честь святого мученика Меркурия Кесарийского. Однако народная этимология чаще связывает фамилию именно с бытовым прозвищем, а не с календарным именем, поскольку имя Меркурий в крестьянской среде было редким.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, где диалектное слово «меркул» было в ходу. Встречаются варианты написания Меркулов — они более распространены и образованы от той же основы, но с суффиксом -ов, что говорит о другом типе склонения исходного прозвища (Меркул — Меркулов). Меркулин же сохранил более архаичную форму, характерную для имён на -а.

Среди носителей фамилии в XIX веке преобладали крестьяне и мещане. Дворянских родов Меркулиных в «Бархатной книге» и других родословных сборниках не зафиксировано, что подтверждает народное происхождение фамилии. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был человеком деятельным, проворным — именно такое качество и закрепилось в родовом имени.