Фамилия Меркулина образована от имени Меркула — просторечной, производной формы канонического мужского имени Меркурий. Это имя восходит к латинскому merx, что значит «товар», а точнее — к форме родительного падежа этого слова, mercies. В древнеримской мифологии Меркурий был богом торговли, и имя с такой «коммерческой» подоплёкой в христианской традиции закрепилось за несколькими святыми.

Один из самых почитаемых покровителей имени — великомученик Меркурий Кессарийский, чья память отмечается 24 ноября. По преданию, он служил в римской армии, и в разгар битвы ему явился ангел, вручивший меч. Этим мечом святой поразил вражеского полководца и обеспечил римлянам победу, за что был назначен военачальником. После чудесного явления Меркурий уверовал во Христа и открыто исповедовал веру, отказавшись приносить языческие жертвы. За это император подверг его жестоким мучениям и обезглавил.

Суффикс -ин в фамилии указывает на притяжательное значение: Меркулина буквально означает «дочь или жена Меркулы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я. Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия: в крестьянской и посадской среде канонические имена часто переделывали в более короткие и удобные для повседневного общения формы, и Меркула — яркий тому пример.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые обычно носили бояре и дворяне, фамилии на -ин чаще встречались у менее знатных слоёв населения. Потомок человека по имени Меркула со временем и получил фамилию Меркулина, которая закрепилась в роду и дошла до наших дней.