Фамилия Мерцалин — редкий пример, где корень совпадает с глаголом, обозначающим неровное, прерывистое свечение. Но связь с «мерцать» здесь не прямая и не единственная. В основе фамилии, скорее всего, лежит не сам глагол, а прозвище Мерцало — так в южных и западных говорах могли называть человека со слабым зрением, подслеповатого, который щурится и словно «мерцает» глазами. В словаре Даля «мерцать» фиксируется именно в значении «мигать, жмуриться, щуриться», а не только о свете. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Мерцало → Мерцалин, то есть «сын Мерцала». Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу (чей? — Мерцалин).

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от имени Меркурий в его просторечной форме Мерцал или Мерцало. В народной среде церковные имена часто сокращали и переиначивали, и Меркурий мог дать такие варианты, как Меркул, Мерцал. Но эта гипотеза слабее: от имени Меркурий фамилии обычно образовывались через Меркулов или Меркушин, а Мерцалин стоит особняком.

Географически фамилия Мерцалин — редкая, встречается точечно, в основном в центральных и южных областях России. В дореволюционных справочниках и метрических книгах она не массовая, что говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании. В некоторых случаях написание могли путать с фамилией Мерцалов, образованной от той же основы, но с другим суффиксом, но это разные роды.

Таким образом, предок носителей фамилии Мерцалин — человек, которого в деревне прозвали Мерцало за привычку щуриться или за слабое зрение. Прозвище не уничижительное, а описательное, бытовое, и оно легло в основу фамилии, как тысячи других подобных — от внешности или физической особенности.