Фамилия Межекова — женская форма, а мужская, Межеков, образована от прозвища или мирского имени Межек. В основе лежит слово «межа» — граница земельных участков, полоса невспаханной земли между наделами. Прозвище Межек могли дать человеку, чья усадьба или поле стояли на меже, либо тому, кто занимался землемерным делом — устанавливал и проверял границы владений. В русских говорах «межек» встречается и как название узкой полоски земли, и как прозвище крестьянина, владевшего крайним наделом у границы общинных земель.

Суффикс -ов указывает на типичную для русских фамилий модель принадлежности: Межеков буквально значил «сын Межека» или «из семьи Межека». Поскольку прозвища на -ек в крестьянской среде были распространены (ср. Кузнек, Рыжек, Малёк), фамилия могла возникнуть в нескольких регионах независимо. Однако есть и другая версия: в некоторых говорах «межек» — это уменьшительное от «медведь» (через форму «меж»), но она менее вероятна — для медведя существовали более употребительные прозвища (Михайло, Топтыгин, Потап).

В написании фамилии возможна вариативность: в старых документах встречается Межиков (с суффиксом -ик, который также давал прозвища), но форма Межеков устойчивее и чаще фиксируется в переписях XIX века. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям — там, где общинное землепользование было особенно развито и слово «межа» входило в повседневный обиход. Встречается она и у донских казаков, где прозвище могло закрепиться за человеком, жившим на границе станичных земель.

Сословно Межековы — почти наверняка крестьянский род. Дворянских ветвей с такой фамилией не зафиксировано, а в купеческих и мещанских списках она редка. Таким образом, предки носителей фамилии Межекова — земледельцы, чьё прозвище точно описывало их место в деревенском ландшафте: у межи, на границе своего и чужого надела.