Фамилия Межнина — одна из тех, чья форма на -ин сразу указывает на женскую линию. В русской традиции фамилии на -ин (Межнин, Межнина) обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. Если перед нами Межнина, то это, скорее всего, «женская» версия от мужской фамилии Межнин. Но могло быть и наоборот: в некоторых говорах, особенно на севере, фамилии на -ин могли закрепляться за женщинами напрямую, если мужская форма была редкой или неупотребительной.

Основа «межн-» — спорная и неочевидная. Самый прямой путь — от слова «межа», то есть граница земельного участка, полоса между полями. В этом случае Межнин — человек, живший на меже, либо тот, кто занимался землемерными работами, устанавливал границы. Однако суффикс -ин, а не -ев, намекает на то, что исходное прозвище звучало как «Межня» (или «Межна»). Это могло быть прозвище человека, который постоянно спорил о границах, ссорился с соседями из-за земли, или, наоборот, того, чей надел находился на стыке двух владений.

Вторая версия — отчество от имени Межня, которое могло быть уменьшительной формой от редкого дохристианского имени Межник или от крестильного имени, например, Мефодий (в народной переделке). Но это предположение менее надёжно: в ономастических словарях такое имя не фиксируется как распространённое. Борис Унбегаун в «Русских фамилиях» не приводит прямых примеров для «Межнин», но указывает, что модель от географических терминов (межа, рубеж, грань) была типична для крестьянских фамилий центральной России и Поволжья.

Географически фамилия Межнина встречается редко, в основном в Вологодской, Архангельской областях и на Урале. Это подтверждает версию о северном или северо-восточном происхождении, где земельные споры и межевание были особенно актуальны из-за общинного землепользования. В любом случае, носительница фамилии Межнина — потомок человека, чья жизнь или характер были связаны с границей, разделом или пограничной полосой.