Фамилия Межнин — редкая и неоднозначная по происхождению. Её основа, скорее всего, не связана с географическим понятием «межа» (граница земельного участка), хотя это самое очевидное предположение. В русских фамилиях на -ин гораздо чаще встречается основа от прозвища или имени, а не от нарицательного существительного в прямом значении. Если бы фамилия образовалась от слова «межа», ожидалась бы форма Межов или Межевитин — через суффикс -ов или сложное слово. Межнин же выглядит как вариант от Межня — прозвища или имени.

Вероятнее всего, в основе лежит некалендарное имя или прозвище Межня (или Межень). В старину так могли называть ребёнка, родившегося между двумя праздниками, в «меженье» — в середине лета, в пору межсезонья. В говорах слово «межень» означало и «середина лета», и «мелководье в реке», и «промежуток времени». Человек, получивший такое прозвище, мог быть рождён в глухую пору или отличаться спокойным, «срединным» характером. Фамилия образована по типичной модели: прозвище на -я (Межня) + суффикс принадлежности -ин, то есть «сын Межни».

Есть и вторая, менее распространённая версия. В некоторых диалектах «межнин» — это человек, живущий между двумя деревнями или на нейтральной полосе, «межник». Но тогда фамилия должна была писаться через «е» в корне (Меженин, Межевин), а не через «и». Анализ словообразования показывает: фамилия Межнин — это именно «чей?» — Межнин, от имени Межня. Географически фамилия встречается единично, в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её происхождение от диалектного прозвища, а не от распространённого ремесла или географического термина.