Фамилия Мигужов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ин, который указывал бы на принадлежность матери, или -ский, типичного для польской или украинской знати. Суффикс -ов здесь работает по стандартной патронимической модели: «чей?» — Мигужов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Мигуж.

Корень «миг-» сразу отсылает к глаголу «мигать» или существительному «миг» — краткое мгновение, быстрое движение. Прозвище Мигуж могли дать человеку с живой мимикой, тому, кто часто моргал, щурился или вообще отличался быстрой, порывистой реакцией. В русских говорах слово «мигун» и его варианты (мигуша, мигунок) фиксировались именно в таком значении — «тот, кто мигает, подмигивает, вертлявый». Форма на -уж встречается реже, но она характерна для северных и северо-западных диалектов: суффикс -уж придавал прозвищу чуть грубоватый, простонародный оттенок (ср. «крикун» — «крикуж», «топтун» — «топтуж»).

Есть и вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским корнем. В ряде тюркских языков «миг» или «мик» означает «родинка», «родимое пятно». Тогда Мигуж могло быть прозвищем человека с заметной родинкой. Однако против этой версии говорит конечное -уж, которое плохо объясняется из тюркского словообразования. Скорее всего, основа славянская, а фамилия образовалась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища были живыми и описательными.

Географически фамилия Мигужов встречается точечно, в основном на территории бывшей Вологодской и Архангельской губерний — это косвенно подтверждает северное происхождение суффикса. В дореволюционных переписях носители фамилии не фигурируют среди дворян или купцов, что также указывает на крестьянские или мещанские корни.

С точки зрения орфографии фамилия устойчива: вариант Мигужёв (с буквой ё) в документах почти не встречается, ударение, судя по говорам, падает на второй слог — Мигýжов. Родственные фамилии — Мигунов, Мигушин, Мигачёв — образованы от того же корня, но с другими суффиксами, и распространены шире.