Фамилия Микантара — редкая, и её происхождение неочевидно. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на нерусскую, скорее всего, западную или южную основу. Наиболее вероятная версия: фамилия имеет итальянские корни. Основа «Микантара» может быть переосмыслением итальянского словосочетания «mi canta» — «мне поёт» или «поёт для меня». В итальянском языке «canta» (поёт) — форма глагола cantare. Если добавить местоимение «mi» (мне), получается «ми канта» — «мне поёт». Фамилия могла закрепиться за певцом, музыкантом или просто человеком с громким, мелодичным голосом, которого в шутку или всерьёз называли «поющим для меня».

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с грузинским или абхазским корнем. В грузинском языке есть слово «микантара» (მიკანთარა) — так называют разновидность цитрусового дерева, помело или грейпфрут. В этом случае фамилия могла указывать на человека, занимавшегося выращиванием или продажей этих фруктов, либо на прозвище по внешнему сходству (например, крупный или жёлтый). Однако географическое распространение фамилии Микантара в России и на постсоветском пространстве крайне узкое, и её носители встречаются в основном в Краснодарском крае и на юге, что может быть следствием переселения из Закавказья.

Обращает на себя внимание окончание -ара, которое нехарактерно для исконно русских фамилий. В итальянском суффикс -ara часто встречается в фамилиях, образованных от профессий (например, Ferrari — от кузнеца, Ferrara — от кузницы). В грузинском окончание -ара тоже возможно, но реже. Учитывая, что фамилия Микантара не имеет подтверждённой этимологии в авторитетных словарях (таких как работы Унбегауна или Никонова), основная версия остаётся итальянской, а грузинская — гипотетической.

В любом случае, носитель этой фамилии может с уверенностью говорить, что его предки имели отношение либо к музыке и пению (если верна итальянская версия), либо к садоводству и торговле цитрусовыми (если верна грузинская). Точное происхождение можно было бы установить только по семейным преданиям или архивным записям из мест компактного проживания — например, из Сухуми или Сочи.