Фамилия Михалина образована от производной формы мужского имени Михаил — Михаля. В основе лежит древнееврейское имя, которое переводят как «благонравный», однако к моменту появления фамилии это значение уже стерлось: на Руси Михалями называли просто обладателей распространенного имени, не вкладывая в него особого смысла.

Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия. В крестьянской и мещанской среде полные имена использовали реже, а вот уменьшительные формы вроде Михаля, Михей, Мишата закреплялись за человеком прочно и переходили к детям уже как фамильное прозвание. Потомок человека по имени Михаля со временем получал фамилию Михалина.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Михалина буквально значит «дочь или жена Михали», но в русской традиции такие формы закреплялись за всем родом, независимо от пола. Интересно, что фамилия стоит в женской форме, что встречается реже, чем мужские аналоги на -ов и -ин. Это может говорить о том, что закрепилась она через вдову или дочь, либо о севернорусском влиянии, где подобные формы бытовали шире.

Однокоренные фамилии — Михалев, Михалин, Михалицын — все они восходят к тому же имени, но через разные его производные. Михалина выделяется тем, что сохранила более архаичный вариант основы, который в современном русском языке уже почти не употребляется как самостоятельное имя.