Фамилия Михарев — одна из тех, где суффикс -ев скрывает под собой необычную основу. В русских фамилиях суффиксы -ов/-ев чаще всего присоединяются к основам на твёрдый или мягкий согласный: Петров, Иванов. Но здесь мы видим корень «Миха-», который явно неполный. Это наводит на мысль, что перед нами не прямая форма от имени Михаил, а усечённая разговорная или диалектная версия.

Скорее всего, в основе лежит просторечная форма имени Михаил — Миха́ря или Миха́р. В русских говорах, особенно на севере и в Поволжье, имя Михаил нередко сокращали до Миша, Михей, а в некоторых областях — до Михаря. Суффикс -арь в прозвищах и именах указывал на деятеля или носителя признака (ср. «глухарь», «бондарь»). Так и «Михарь» — человек по имени Михаил, но в местном, «своём» произношении. От этого прозвища и пошла фамилия: Михарев — сын Михаря.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в ономастических работах. Иногда фамилию связывают с диалектным словом «михать» — мяукать, или с прозвищем «Михара» (тот, кто мяучит, подражает кошке). Однако такое объяснение выглядит натянутым: прозвища от звукоподражаний редко становились основой для фамилий на -ев, да и связь с именем Михаил куда естественнее.

Географически фамилия Михарев встречается не повсеместно. Её чаще фиксируют в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Ярославской губерниях. Там же бытовали и однокоренные фамилии: Михарёв, Михарихин, Михаркин. Все они — варианты одной модели: от усечённого имени с разными суффиксами.

В сословном отношении Михаревы в основном были крестьянами и мещанами. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается в ревизских сказках и метрических книгах, но без ярких исторических фигур. Это рядовая, но не «стандартная» фамилия: её редкость объясняется тем, что форма «Михарь» не стала общеупотребительной, а осталась локальным вариантом имени Михаил.