Фамилия Михайлюков — это «обрусевший» вариант украинской фамилии Михайлюк, которую, в свою очередь, образовали от крестильного имени Михаил. Суффикс -юк в украинской традиции указывал на родство: Михайлюк — это сын Михаила, а иногда и его ученик или человек, находящийся при нём. Когда носитель фамилии Михайлюк оказывался в русскоязычной среде, его фамилию переоформляли по русской модели, добавляя окончание -ов. Так появился Михайлюков, и эта форма закрепилась в документах как «сын Михайлюка».

Само имя Михаил восходит к древнееврейскому Микаэль, что означает «равный, подобный Богу». Это одно из самых распространённых крестильных имён, поэтому от него образовалось целое «гнездо» фамилий: Михайлов, Михайленко, Михайлюк, Михайличенко и другие. Фамилия Михайлюков стоит в этом ряду особняком: она не просто происходит от имени, а фиксирует путь семьи через украинскую ономастическую традицию в русскую.

Интересно, что на формирование фамилии могла повлиять и география. Архангел Михаил считался небесным покровителем Яицкого (Уральского) казачьего войска. В Уральске ему посвятили Михайло-Архангельский собор, известный как Старый собор, — древнейшее здание города, заложенное в 1741 году и освящённое в 1751-м. Казаки нередко носили фамилии, связанные с почитаемыми святыми, а смешанное русско-украинское население этих земель легко усваивало обе словообразовательные модели. Поэтому Михайлюковы могли появиться и в казачьей среде, где украинская фамилия отца естественно получала русское окончание у следующего поколения.

Разница между Михайлюком и Михайлюковым — это не ошибка и не искажение, а нормальный процесс адаптации фамилии к языковой среде. В документах XIX века один и тот же человек мог записываться по-разному: в украинских метриках — Михайлюк, в русских ревизских сказках — Михайлюков. По фамилии можно предположить, что предки носителя жили на территории современной Украины или в южнорусских губерниях, а затем перебрались севернее или восточнее, где фамилию привели в соответствие с местной традицией.