Фамилия Михнин — один из тех случаев, где суффикс подсказывает больше, чем корень. Модель на -ин указывает на притяжательное значение: «чей?» — Михнин, то есть сын, потомок или человек из рода Михайлы. Основа здесь не полное крестильное имя Михаил, а его обиходная, народная форма Ми́хня.

В русской антропонимии уменьшительные имена на -ня (Михня, Петря, Вася, Гриша) были чрезвычайно распространены в XV–XVII веках. Они образовывались не столько для ласки, сколько для повседневного бытового употребления. Имя Михня — это не просто сокращение от Михаил, а вполне самостоятельное прозвищное имя, которое могло закрепиться за человеком в документах. Отсюда и фамилии: Михнев, Михнин, Михнёв. Разница в суффиксе (-ев или -ин) зависела от того, как склоняли имя в местном говоре: Михня — Михнин, Михней — Михнев.

Интересная деталь: фамилия Михнин встречается заметно реже, чем Михнев. Это говорит о том, что форма имени Михня (на -я, а не на -ей) была менее употребительна или бытовала в более узком ареале — скорее всего, в северных и центральных русских говорах, где «аканье» и твердое произношение окончаний давали такие варианты. В переписных книгах XVII века можно встретить крестьян и посадских людей с именем Михня, но массового распространения оно не получило.

По сути, фамилия Михнин — это прямой ответ на вопрос «чей ты будешь?»: из рода того самого Михни, который, скорее всего, был простым крестьянином, ремесленником или служилым человеком. Никакого особого ремесла или прозвища по характеру за этой основой не стоит — только имя, данное при крещении, но в его разговорной, бытовой форме. Это делает фамилию типичным образцом «патронимической» модели, где в основе лежит не профессия, а личное имя предка.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -ин от основ на -а/-я описывается как одна из древнейших, характерная именно для восточнославянской традиции. Михнин стоит в одном ряду с Ванин, Петин, Гришин — но с той разницей, что исходная форма Михня сейчас почти забыта, а сама фамилия сохранилась как языковой артефакт, застывший в паспорте.