Фамилия Михнутен — редкий случай, когда географический след просматривается почти сразу. Её основа почти наверняка связана с белорусским или литовским вариантом имени Михаил — Михно. Это уменьшительная форма, которая в восточнославянской традиции давала множество фамилий: Михнов, Михнюк, Михненко. А вот суффикс -ен в Михнутен указывает на западный, балтийский след.

Вероятнее всего, перед нами фамилия, сформировавшаяся на территории бывшего Великого княжества Литовского, где смешивались славянские и литовские словообразовательные модели. Суффикс -ен (или -енас в литовском варианте) часто обозначал принадлежность или происхождение: «сын Михны». Если добавить к этому конечное -утен, которое встречается в литовских фамилиях (например, Михутис, Михута), то получается гибридная форма: основа славянская, а окончание — балтийское. Такое возможно в зоне языкового контакта, особенно в Западной Беларуси, на Гродненщине или в приграничных районах Литвы.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от прозвища Михнут, которое могло означать человека, пришедшего с Михновского хутора или носившего имя Михно с суффиксом -ут (как Ванют, Петрут). Но тогда фамилия скорее получила бы окончание -ов или -ин, а не -ен. Именно окончание -ен, а не -ов, — ключевая деталь, которая выдает нетипичную для великорусских фамилий модель.

Что касается социального происхождения, то фамилии с суффиксом -ен в этой части Европы чаще всего носили крестьяне или мелкая шляхта. Никаких документальных свидетельств о дворянстве Михнутенов нет, но в списках шляхты Речи Посполитой встречаются похожие по форме фамилии. Скорее всего, предки носителя фамилии были свободными землепашцами или ремесленниками на западе современной Беларуси или востоке Литвы.

Словообразовательно фамилия проста: корень Михн- (от Михаил), суффикс -ут- (уменьшительно-ласкательный, как в Петрут, Клим) и окончание -ен (патронимическое, указывающее на сына). Если перевести на русский лад, фамилия звучала бы как Михнутов, но в оригинале сохранила балтийский отпечаток.