Фамилия Михоненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, самой распространённой в этой славянской традиции. Суффикс -енко в украинской ономастике выполнял роль уменьшительного или, точнее, патронимического показателя: он означал «сын» или «потомок». То есть Михоненко изначально — «сын Ми́хони». А Михоня — это народная, уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Михаил.

Имя Михаил (в переводе с древнееврейского — «кто как Бог») было одним из самых популярных на Руси и в Речи Посполитой, поэтому дало огромное количество производных фамилий. Народные варианты — Михей, Михейка, Михоня, Михо — становились основой для прозвищ и фамилий. В украинской среде формы на -оня (Михоня, Степоня, Ивоня) характерны для западных и центральных регионов, что указывает на вероятную географию возникновения фамилии — Волынь, Подолье, Киевщина или Полтавщина.

В русском языке аналогом суффикса -енко выступает суффикс -ов/-ев: фамилия Михонов образована от той же основы, но по другой модели. В белорусской традиции встречается вариант Михоненок, где суффикс -енок также указывает на «сына». Таким образом, Михоненко стоит в одном ряду с такими распространёнными украинскими фамилиями, как Михненко, Михальченко, Михайленко, но отличается именно формой имени-основы.

Что касается социального статуса: фамилии на -енко в XVI–XVII веках фиксировались прежде всего у казацкой старшины, мещан и крестьян, но не у шляхты. В реестрах Войска Запорожского встречается множество фамилий с таким окончанием. Михоненко — не исключение: предки носителя этой фамилии могли быть реестровыми казаками, а позже — государственными крестьянами или казаками в Черниговской, Полтавской или Киевской губерниях.

Сегодня фамилия распространена в Украине, а также в России и Беларуси — за счёт миграций XIX–XX веков. Вариантов написания немного: встречается Михоненко, реже — Михоненко с ударением на второй слог. В документах советского времени часто писали фамилию без изменений, поскольку украинские фамилии на -енко не склонялись по падежам в русском языке.