Фамилия Михонова — женская форма, а её мужской вариант, Михонов, образован от имени или прозвища Михон. В основе лежит разговорная форма канонического имени Михаил, где суффикс -он- выполняет ту же роль, что и в именах Петр — Петька — Петруха — Петрон, или Семён — Семка — Семон. Михон — это уменьшительно-ласкательный вариант, бытовавший в крестьянской среде. В русских говорах такие формы с суффиксом -он- (Михон, Афоня, Степон) встречаются реже, чем более привычные -ш- (Миша) или -х- (Михей), поэтому фамилия Михонов стоит в ряду относительно редких.

Словообразовательная модель стандартная: к основе Михон добавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Михона). Это типичная русская фамилия, возникшая не ранее XVI–XVII веков, когда фамилии начали массово закрепляться за крестьянами и посадскими людьми. В отличие от дворянских фамилий, которые часто фиксировались по поместьям, Михонова — продукт «уличного» именования: в документах человека записывали как Ивашко Михонов, то есть Ивашка, сын Михона.

С географической точки зрения фамилия встречается в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Костромской и Архангельской областях. Там сохранились архаичные формы личных имён, и Михон могло быть не только производным от Михаила, но и самостоятельным прозвищем — от диалектного глагола «михониться» (медлить, капризничать) или от слова «михоня» (неповоротливый, рохля). Впрочем, первая версия — от крестильного имени — выглядит убедительнее, так как прозвищная этимология требует дополнительных доказательств бытования такого слова в конкретной местности.

В написании фамилии путаницы почти не возникает: ударение падает на второй слог (Михо́нова), и её легко отличить от похожей фамилии Михеев, которая восходит к другому варианту имени — Михей. Если ваш предок носил фамилию Михонов, скорее всего, он был крестьянином или ремесленником из северных или центральных губерний, а его пращур в конце XVII века носил имя Михон — неофициальный, домашний вариант Михаила, который не прижился в церковных святцах, но остался в народной памяти.