Фамилия Михонцева — женская форма, мужская — Михонцев. В её основе лежит разговорная или диалектная форма имени Михаил — Михоня. Уменьшительно-ласкательные варианты вроде Михоня, Михонька, Михонтий были широко распространены в крестьянской и посадской среде, где полное церковное имя часто заменяли более привычным для быта. Суффикс -ец указывает на принадлежность к роду: Михонец — «сын или потомок Михони». Такая модель образования фамилий (основа на -ец + -ов/-ев) встречается реже, чем простой патроним на -ов от имени без суффикса, но она характерна для северных и центральных областей России, особенно для Вятки, Пермского края и Архангельской губернии.

Если смотреть глубже, фамилия могла возникнуть не напрямую от имени, а от прозвища Михонец, которое давали человеку с именем Михаил, но уже как уличное, а не крестильное. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Михонцевы в писцовых книгах по Устюгу Великому и Тотьме. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с диалектным словом «михоня» — так в некоторых говорах называли нерасторопного или простоватого человека. Но в случае с фамилией Михонцева первичным почти наверняка было имя, а не прозвище: слишком устойчив и распространён корень «Мих-» в русской антропонимии.

Фамилия недворянская, не получила распространения в высших сословиях. Её носители — в основном крестьяне и мещане, что подтверждается и географией: наибольшая плотность Михонцевых сегодня фиксируется в Кировской области и Пермском крае, то есть на территории бывшей Вятской губернии. В написании встречается вариант с одной «н» — Михоцев, но это скорее искажение при переписи или описка писаря.