Фамилия Михрютин — классический образец русской фамилии, образованной с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Михрютин — «чей?» — сын или потомок Михрюти. Основа фамилии, Михрюта, — это разговорная, уменьшительная форма от канонического крестильного имени Михаил (в переводе с древнееврейского «кто как Бог»). В русской народной среде имя Михаил дало множество производных: Михей, Михалка, Миша, Михря, Михрюта. Последняя форма, с характерным для северных и центральных говоров суффиксом -ют(а), встречается в писцовых книгах XVI–XVII веков. Например, в новгородских и вологодских документах упоминаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Михрюта. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном человека по имени Михрюта, которого в быту так называли за глаза — ласково или пренебрежительно, в зависимости от контекста.

Интересная деталь: фамилия Михрютин — редкая, её нет в массовых списках русских фамилий, таких как словарь Унбегауна, но она встречается в переписях населения XX века, преимущественно в Вологодской и Архангельской областях, а также в Сибири, куда переселенцы из Русского Севера принесли свои прозвания. Это географическое «пятно» подтверждает, что корень связан именно с севернорусской диалектной формой имени Михаил. В других регионах, например в южнорусских говорах, от того же имени чаще образовывали фамилии через суффикс -енко (Михрюченко) или -ов (Михрюков), так что Михрютин — маркер определённой местности и традиции.

По социальному происхождению фамилия, скорее всего, крестьянская или посадская. Суффикс -ин в русских фамилиях часто указывал на принадлежность к дому или роду, и в среде крестьян и ремесленников такие фамилии закреплялись стихийно, без участия дворянских канцелярий. Дворянские роды с такой фамилией неизвестны, что тоже косвенно говорит о её простонародном происхождении. Никакой связи с ремеслом или занятием в основе нет — только личное имя, что типично для огромного пласта русских фамилий, образованных от календарных имён в их народной форме.