Фамилия Михрин образована по древнейшей и самой распространённой в русском языке модели: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Михрин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Михра.

В основе фамилии лежит, скорее всего, разговорная форма крестильного имени Михаил. В народной речи имя Михаил подвергалось сильному сокращению: появлялись варианты Михей, Михейка, Михря, Михра. Форма Михра — результат усечения и добавления экспрессивного суффикса -р-, как в словах «махра», «мотыра». Таким образом, Михра — это уменьшительно-ласкательное или обиходное прозвище человека по имени Михаил. Фамилия Михрин буквально означает «сын Михры».

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «михра» — так в некоторых русских говорах называли неопрятного, неряшливого человека, либо, в других областях, угрюмого, молчаливого. В этом случае фамилия отражает не имя, а прозвище по характеру или внешнему виду. Однако имяобразование от Михаила выглядит более естественным и массовым, поэтому версия с крестильным именем предпочтительнее.

Фамилия Михрин не относится к числу аристократических или дворянских. Она типична для крестьянской и мещанской среды центральной России, особенно для регионов, где были распространены «окающие» говоры и формы типа Михей, Михря. Встречается также у старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные народные варианты канонических имён.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на согласный (Михеев, Михайлов), суффикс -ин указывает на основу, оканчивающуюся на -а или -я. Поэтому однокоренные фамилии — Михеев, Михалёв — построены по другой модели и не являются прямыми вариантами Михрина.