Фамилия Микиктин — редкий пример, где на стыке основы и суффикса произошло наложение звуков, из-за чего корень не сразу узнаётся. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ин, остаётся основа Микикт-. В ней легко угадывается имя Микита — просторечная форма канонического Никита. В русских говорах начальное «н» перед «и» нередко заменялось на «м»: из греческого Никита (победитель) получалось Микита, отсюда же фамилии Микитин, Микитов и более редкий вариант Микитинский.

Но почему в фамилии Микиктин появилась лишняя буква «к»? Скорее всего, это результат диалектного произношения или описки при записи. В живой речи имя Микита могли произносить с напряжённым смычным звуком — как Микикта, особенно в говорах северных и сибирских регионов, где согласные любили уплотняться. Писарь, записывая крестьянина на слух, зафиксировал именно этот вариант, и фамилия закрепилась. Вторая версия — что основа восходит к прозвищу Микикта, которое мог получить человек с каким-то дефектом речи или, наоборот, с манерой говорить «на распев», растягивая имя.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Микикты» или «человек из рода Микиктиных». Такие фамилии в массе своей носили крестьяне и посадские люди, поскольку дворянские роды чаще оформлялись через -ов/-ев или -ский. В дореволюционных метрических книгах Микиктины встречаются единично, преимущественно в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях — то есть в зоне северного наречия, где аканье и перестановки согласных не редкость.

Сегодня фамилия сохраняется как очень редкая, что делает её своеобразным маркером: носитель почти наверняка происходит из старых севернорусских крестьянских родов, а его предки когда-то носили имя Никита, которое в местном говоре превратилось в Микикту.