Фамилия Миклушите — редкий случай, когда географическое происхождение практически не вызывает споров, а вот способ словообразования требует пояснения. Это литовская фамилия с типичным балтийским суффиксом -ите (-ytė), который в женском роде указывает на незамужнюю женщину (дочь) или на принадлежность к роду. В мужском варианте фамилия звучала бы как Миклушис (Miklušis) или Миклуша (Mikluša), а форма Миклушите — это либо фамилия дочери, либо, что вероятнее, закрепившаяся в документах женская форма от мужской основы.

Корень фамилии — Миклуш- — восходит к литовскому личному имени Mikas, которое является уменьшительной формой от Mykolas (Михаил). Суффикс -уш- (-uš-) в балтийской антропонимии образует ласкательные или фамильярные варианты имени, подобно тому как в русском языке от Михаила образуются Миша, Мишута. Таким образом, Миклушис в буквальном смысле — «маленький Микас», а Миклушите — «дочь (или жена) Миклушиса».

Географически фамилия тяготеет к северо-западу Литвы, особенно к Жемайтии и окрестностям Тельшяй, Шяуляй. Встречается также в Латгалии (исторически польско-литовское пограничье) и среди литовской диаспоры. В России фамилия практически не фиксируется, что объясняется её сугубо балтийской моделью: суффикс -ите нехарактерен для русской ономастики, хотя в XIX веке, при русификации, её могли переделывать в Миклушев или Миклушин.

Социальный срез: носители фамилии — выходцы из крестьян или мелкой шляхты, так как в Литве суффикс -ите был распространён повсеместно, без сословных ограничений. В отличие от русских фамилий, где окончание -ов/-ин указывает на патроним, литовская модель с -ите сохраняет гендерную маркированность, что часто путает исследователей: сегодня женщина может носить фамилию Миклушите, а её муж — Миклушис, но в старых метриках женская форма могла писаться как фамилия для всех членов семьи, если запись велась по-польски или по-русски.

Известных носителей, вошедших в энциклопедии, нет — фамилия остаётся локальной, камерной. Её ценность для этимолога в том, что она наглядно демонстрирует, как по-разному устроена фамильная система у соседних народов: там, где русский скажет «Михайлов», литовец скажет «Миклушите», и разница не только в звучании, но и в грамматике, которая хранит следы матриархального счёта родства.