Фамилия Миклушев — редкий пример, где за основу взято не каноническое имя, а его обиходная форма, прошедшая через несколько ступеней обработки. В основе лежит имя Миклуш — западнославянский, скорее всего чешский или словацкий, вариант имени Николай. В славянской среде имя Николай дало огромное количество производных: Микола, Микула, Миклош, и Миклуш — одна из таких форм, характерная для территорий, где смешивались чешские и польские говоры. Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Миклуш прибавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Миклушев сын). Таким образом, первый носитель фамилии был сыном человека по имени Миклуш.

Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным регионам исторической России, а также к Беларуси и Украине. Это не случайно: именно через эти земли шло влияние польской и чешской антропонимии. В отличие от фамилий на -ов, образованных от полных православных имён (Николаев, Петров), Миклушев стоит в ряду фамилий, которые «выдают» диалектное или иноязычное происхождение основы. Сравните с фамилиями Миклухо, Миклушко — они того же корня, но с разными суффиксами. Миклушев — самая «русифицированная» форма, где западное имя получило типичный русский фамильный суффикс.

Есть и бытовая, менее вероятная версия: связь с прозвищем Миклуша от диалектного глагола «миклушить» — говорить невнятно, мямлить. Однако эта версия слабая: такой глагол не зафиксирован в основных словарях русских говоров как распространённый. Более надёжно держаться за имя Миклуш — оно документировано в исторических записях, например, у чехов и словенцев. Так что предки современных Миклушевых, скорее всего, были выходцами из западнорусских земель, а их родоначальника звали Миклуш, то есть по-домашнему — Никола.