Фамилия Микулка — редкий пример, когда фамилия произошла не от полного, а от ласкательной формы имени, причём с необычным суффиксом. В её основе лежит имя Микула — народная, западнославянская или древнерусская форма канонического имени Николай. Имя Николай (от греческого «никао» — побеждать) было чрезвычайно популярно на Руси, и от него возникло множество фамилий: Никулин, Николаев, Микулин. Микулка стоит в этом ряду особняком.

Суффикс -к- в фамилии Микулка — не уменьшительно-ласкательный в привычном смысле (как в фамилиях Петька, Ванька), а скорее прозвищный или именной. В русской ономастике фамилии на -ка встречаются нечасто, и они почти всегда указывают на прозвище или уличное имя человека. То есть Микулкой в деревне могли называть не просто ребёнка, а взрослого мужчину по имени Микула — для простоты, для отличия от тёзок или с оттенком фамильярности. Со временем это уличное прозвище закрепилось за потомками как официальная фамилия.

В отличие от фамилий на -ов/-ев (Микулов) или -ин (Микулин), которые образуют притяжательные формы («чей?» — сын Микулы), фамилия Микулка сохранила форму самого прозвища. Это говорит о том, что она могла возникнуть в среде, где фамилии ещё не устоялись и фиксировались по живому обиходу: в крестьянской или мещанской среде северных и центральных губерний России. В говорах имя Микула было особенно распространено в Новгородской и Псковской землях, поэтому географически фамилию стоит искать на северо-западе.

Встречается и другая версия: фамилия может быть украинской или белорусской, где суффикс -ка в фамилиях встречается чаще (Шевченко, Головко). В таком случае Микулка — это тоже производное от Микула, но по модели, характерной для восточнославянских прозвищных фамилий, которые не склонялись. Однако для великорусской традиции склоняемая форма Микулка (родительный падеж — Микулки) более типична. Однозначно сказать, из какого региона фамилия, без генеалогического исследования сложно, но её редкость и нестандартная форма делают её интересным объектом для поиска корней в конкретном селе или погосте.