Фамилия Микутёнис образована от прозвища Микутис. Вероятно, оно восходит к литовскому прилагательному mikutis, что в переводе на русский язык означает «маленький». Вероятно, так называли невысокого, миниатюрного человека. Таким образом, прозвище Микутис указывает на внешние особенности предка. Однако не исключено, что в основе этой фамилии лежит имя Микутис, которое дали младшему сыну в семье. Так, в архивах белорусского общества «Мемориал» упоминается литовец Микутёнис Франц Иосифович, который родился в 1907 году в деревне Четырки Толочинского района.