Основой фамилии Милафетнов послужило имя Милафет. Вероятно, Милафет – просторечный вариант имени Малафей, которое в свою очередь является уменьшительной формой имени Малахий. В переводе с древнееврейского имя Малахий означает «посланник Божий». День памяти Малахия приходится на 6 января. Фамилия Милафетнов, возможно, представляет собой отчество второго порядка: Милафетнов – сын Милафетного и внук Милафета. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милафет, со временем получил фамилию Милафетнов.