Фамилия Миланина — типичный пример «материнской» фамилии, образованной с помощью суффикса -ин. Этот суффикс в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Миланин, то есть сын или потомок Миланы. Однако важно заметить, что основа здесь женская, а не мужская. В отличие от фамилий вроде Иванов (сын Ивана) или Петров (сын Петра), Миланин произведён от женского имени Милана. Такая модель встречается реже и часто указывает на внебрачное происхождение или на то, что мать играла главную роль в семье (вдовство, особый статус).

Само имя Милана — славянское, краткое от Милослава, Милолика или просто от корня «мил» (милый, любимый). В старину так называли девочек в крестьянской и мещанской среде, особенно в южнорусских и украинских говорах. Фамилия Миланин могла закрепиться за ребёнком, которого воспитывала одна мать, или за человеком, чью мать в округе знали лучше, чем отца.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России. Встречается она нечасто, что объясняется исходной редкостью женского имени Милана в качестве основы для фамилии. В XIX веке такие «матримониальные» фамилии нередко давали незаконнорожденным детям, и Миланин могла быть не единственной фамилией в семье — братья иногда носили разные окончания в зависимости от того, по кому их записали.

Если посмотреть на однокоренные фамилии — Миланов, Милашин, Миленин, — то Миланин стоит особняком. В отличие от Миланова (от мужского Милан), Миланин прямо отсылает к женщине. Это не ошибка переписи, а сознательное следование модели, которая в русском языке была вполне нормативной, хотя и менее распространённой. Таким образом, предок носителя фамилии Миланин — скорее всего, женщина по имени Милана, оставившая свой след в родовой памяти через фамилию сына или внука.